В основном 3-й эпизод посвящён бункеру который наши герои совсем недавно вскрыли. На этот раз вся компания (Джек, Кейт, Локк и Десмонт) вступают в ряд конфликтов. По окончанию которых, Кейт пришлось запереть в кладовой, с практически неограниченным запасом продуктов, и компьютерная сеть, которая как оказалось играла безумно важную роль – сломалась. Десмонта обуяла паника.

Основные эпизоды этой серии касаются нескольких групп. Первая – команда, взорвавшая люк и странный молодой парень, который в нём жил. Второй эпизод – Компания раненого Сойера и чуть не погибшего Майкла.

Начинается вторая серия с разбитого плота, криков “Уолт!” от его отца, и картиной раненого Сойера. Майкл едва может держаться на воде и начинает тонуть, тогда Сойер приходит ему на помощь, вместе они стараются удержаться на остатках поломанного плота, а Майкл беспрерывно выкрикивает имя своего сына.

Сюжет второго сезона начинается довольно странно. Молодой человек, с длинными волосами просыпается, подходит к монитору компьютера на котором висят 2 таблицы, вводит странную комбинацию на клавиатуре вводит enter и продолжает слушать свою спокойную музыку.